Università Roma Tre

ARGOMENTI DI BASE: Introduzione alla genomica dei procarioti ed alle sue tecniche di studio (sequenziamento, annotazione, contenuto famiglie geniche, duplicazioni e delezioni); Trasferimento genico orizzontale e mobiloma; Metagenomica; Trascrittomica e gene chips; Proteoma e interattoma; Metabolomica; Genomica di singole cellule; Biologia dei sistemi e salute; Manipolazioni genetiche – Espressione di geni eterologhi in batteri – Evoluzione dei genomi batterici; Filogenesi molecolare; Metodi di tassonomia microbica e concetto di specie; Classificazione dei procarioti; Analisi colturali di comunità microbiche; Colture di arricchimento; Isolamento di singole cellule; Pinze laser; Citometria a flusso; Tecniche microfluidiche; Sistemi high-throughput; Metodi di colorazione; Fluorescent in-situ hybridization (FISH); Metodi di amplificazione genica per l’analisi di comunità microbiche; Analisi su microarray della diversità genetica e funzionale di microorganismi; Genomica ambientale e metodi di studio; Misurazione di attività microbiche in natura; Esempi di simbiosi: licheni, sistemi polimicrobici intestinali (rumine); Generalità sul microbioma unamo; Microbiota gastrointestinale; Microbiota orale e delle vie aeree; Microbioti del tratto urogenitale e della pelle; Sviluppo ed evoluzione del microbiota umano; Studi sull’uomo ed in modelli animali; Colonizzazione, successioni microbiche e stabilità del microbiota intestinale; Patologie associate alla disbiosi intestinale; Patologie associate alla disbiosi del cavo orale, della pelle e del tratto genitale; Antibiotici, resistoma ed alterazioni indotte del microbioma; Probiotici e prebiotici; Microbiota e asse intestino-cervello.
APPLICAZIONI: Tecnologie per il sequenziamento e NGS; Culturoma e chemiotassonomia; Preparazione e analisi dati sequenziamento; Filogenesi basata su 16S rRNA, 25-28S rRNA, ITS ecc.; Strumenti per analizzare la struttura e dinamica del microbiota: Whole Genome Sequencing (WGS) e Metagenomica shotgun; Banche dati, strumenti e pipelines analitiche (annotazioni); Resistoma; Viruloma ;Viroma.
APPROFONDIMENTI: esposizione di articoli monotematici sul microbiota dell’uomo, degli animali, delle piante, in relazione ad alterazioni fiso-patologiche. Articoli e rassegne monotematiche da riviste del settore saranno selezionati anno per anno.

"Brock biology of microorganisms" (Inglese) di Michael T. Madigan (Autore), Kelly S. Bender (Autore), Daniel H. Buckley (Autore), W. Matthew Sattley (Autore), David A. Stahl (Autore): capitoli 9.1-9.14; 12.1-12.5; 12.9; 12.11-12.13; 13.5-13.10; 19.1-19.12; 23.1; 23.12, 23.13; 24.1-24.11
Microbiota in health and disease: from pregnancy to childhood. Editors Pamela D. Browne, Eric Claassen and Michael D. Cabana Published: 2017 Pages: 344. eISBN: 978-90-8686-839-1 | ISBN: 978-90-8686-294-8 https://doi.org/10.3920/978-90-8686-839-1
The human microbiota: how microbial communities affect health and disease / edited by David N. Fredricks.
ISBN 978-0-470-47989-6